Homer3 使用的五种格式文件:

Homer3 Hands On

Posted by 陈锐CR on October 27, 2022 | 阅读

Homer3 使用的五种格式文件:

  • .sd文件:探针源-探测器几何
  • .nirs文件:fNIRS 实验数据
  • .snirf文件:fNIRS 实验数据
  • .cfg文件:数据处理流
  • groupResults.mat:处理后保存的数据文件

SD格式文件

.sd 文件格式描述的是2D光源-检测器间的几何结构,包含以下字段的结构化变量 SD:

Lambda: wavelength 波长

SrcPos: Sources position 光源位置

DetPos: detectors position 探测器位置

nSrcs: number of sources 光源数量

nDets: number of detectors 探测器数量

MeasList: Source-detector pairs 光源-探测器列表(通道数 x 4维度)

SpatialUnit: cm/mm 距离单位

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.sd 文件的创建可以参考以下视频:

NIRS 格式文件

NIRS 格式文件是 Homer2 数据集的基本单位,因此使用Homer2,必须将其格式转换为nirs。

Homer3也可以读取.nirs格式,它会自行转换格式。

NIRS 格式包含以下变量:

SD: 包含阵列布局信息的结构(光源/探测器几何结构)

aux: aux通道

d: 原始数据,包含原始强度的时间进程(时间点x通道)

s: 标记数组(时间点 x 条件)

t: 时间数组

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SNIRF 格式文件

.snirf 格式文件是 Homer3 中使用的新格式。它是未来推广的一种HDF5标准通用文件格式,用于独立于任何特定软件的特定文件格式存储和共享 NIRS 数据,可使用多种软件读取和分析。

Homer3 提供了读写 .snirf 文件的 SnirfClass 对象。此外,Homer3 提供了一个 NirsClass 对象,该对象能够读取 Homer2 的 .nirs 文件,并将其转换为.snirf格式保存。

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CFG 格式文件

.cfg 文件描述了数据分析的步骤,保存数据处理过程中的一系列Homer3 函数。可保存创建自己的 .cfg 文件。

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groupResults.mat 文件

Homer3 软件不会更改其用于分析的原始文件,在处理过程中,软件会自动将处理的数据生成groupResults.mat并保存其数据结果。

使用MATLAB单独加载.snirf格式

加载 Homer3 路径,使用load函数导入:

snirf = SnirfLoad( 'filename.snirf' )

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使用Homer3 GUI加载数据会显示在左下角。

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谢谢大家观看,如有帮助,来个喜欢或者关注吧!


本文作者:陈锐CR

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