Meggie开源软件

Posted by 陈锐CR on October 8, 2022 | 阅读

Meggie 是一款开源软件,用于运行 MEG 和 EEG 分析,具有易于使用的图形用户界面。它是用 Python 3 编写的,在 Linux、macOS 和 Windows 上运行,并在底层使用 MNE-Python 库来完成繁重的工作。该项目于 2013 年在于韦斯屈莱跨学科大脑研究中心 (CIBR) 启动,并从早期开始在内部使用。它于 2019 年公开发布,并于 2021 年正式发布。

Meggie 试图将复杂的分析方法从 MNE-Python 带到一个简单的图形用户界面,其中不需要任何编程经验。

这里至少需要提及三个其他软件:EEGLAB、Brainstorm 和 mnelab。EEGLAB 和 Brainstorm 是成熟的基于 Matlab 的分析软件,具有图形用户界面。mnelab 是一个较新的基于 python 的软件。此处描述的软件与 Brainstorm 和 EEGLAB 之间的主要区别在于语言。与 Matlab 相比,Python 是免费的,并且具有无限的可能性。与 mnelab 的主要区别在于 mnelab 更忠实于 mne 工作流程,而 Meggie 提供了自己的多学科做事方式。

Meggie 背后有两个关键的设计理念。首先,应该很好地支持多个主题(数据集)的实验。因此,在 meggie 中,您可以将所有实验对象添加到软件中,并且当您运行分析步骤(例如过滤)时,您几乎总是可以一次性为所有对象运行它们。其次,是管道的概念,即按顺序运行分析步骤应该简单明了,不会迷路。例如,在诱发反应的分析中,数据被导入、预处理、历元、平均、绘图和保存。在 meggie 中,这对应于在一系列选项卡中移动,使其非常容易理解。将这两者结合起来,要记住的想法是某种主题波,从原始信号,通过分析步骤,到最终结果。

安装(终端)

Python >= 3.7 、mne>=1.0 和 pyqt5是必需的

来自 PYPI:

  1. 创建虚拟环境:python -m venv /path/to/meggie-env
  2. 激活环境:/path/to/meggie-env/bin/activate
  3. 安装 meggie:python -m pip install meggie
  4. 启动:meggie

来自 conda-forge:

  1. 创建一个 conda 环境: conda create -n meggie-env python=3
  2. 激活环境: conda activate meggie-env
  3. 安装 meggie: conda install -c conda-forge meggie
  4. 启动:meggie

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本文作者:陈锐

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